Сюжет игры связан с академией “Вершина надежд”. В эту академию могут попасть только самые умные ученики старших школ Японии. Попав в академию, ученикам светит светлое будущее. Вот только не всем светит это светлое будущее. Макото Наэги и его одноклассники, поняли, что их будущее не такое счастливое, как у других. Они не могут покинуть школу, пока не выполнят условие странного медведя Монокума.