События 3-й части серии происходят параллельно первой игре и аниме сериалу, соответственно и за два года, до событий 2-й части. Под управление игрока попадают бойцы "Безымянного" отряда, метного штрафного батальона, где к людям обращаются не по именам, но по номерам. Из самых серьезных изменений в игре, по сравнению с Valkyria Chronicles 2, стоит отметить возможность изменять класс всем бойцам, а не только протагонисту. То есть игрок сможет, при желании, сделать из любого персонажа Скаута, Пехотинца, Сапера, Инжинера или Гранатометчика (Копейщика), а потом развить до желаемых ответвлений этих классов. А после боя, все, принимавшие участие в сражении, бойцы получают очки опыта.