Действие игры развернется в 2020-ом году спустя три года после событий, имевших место в трилогии .hack//G.U.. Главный герой – школьник под скромным именем Токио, беспечно проживающий отмеренное богом время в виртуальных мирах. Естественно, вся его жизнь радикально меняется после того, как в его школу переводят таинственную девчушку по имени Сайка Акаги. Однажды она отводит Токио на крышу школы и отправляет его сознание и реально тело в "The World R: X", где он знакомится с новыми персонажами и изучает историю "Мира".

Murakumo воины думали, что они убили последнего дракона в 2020 году, однако, они вернуться в 2021 году, чтобы разорить землю.Так что соберите всех, чтобы начать войну. Места, что драконы разрушили покрываются отвратительными цветами, необходимо спасти мир, прежде чем произойдет заражение чумой последней пяди земли.