Final Fantasy IX - это игра о противостоянии между нациями, начатой королевой. Главный герой Зидана Трибала, объединился с несколькими персонажами, для того чтобы победить королеву. Ситуация резко меняется, когда герои узнают, что королева была лишь марионеткой в руках злого гения по имени Куджа.